Programme PdB 2015

Veuillez trouvez ci-dessous le programme du Printemps de Baillarguet 2015.

Le programme détaillé (avec résumés des présentations) se situe en bas de page.

Mercredi 3 Juin

17H00 - Récupération des présentations orales & posters, distribution des goodies - pot pour les participants

Jeudi 4 Juin

8H40 - Accueil des participants

Session 1 : Quand le génome dévoile ses mystères...

9H05 - Introduction par Carole Kerdelhué du CBGP

9H15 - Matteo BARBARINI (UMR ISEM, équipe EPoiss) Comparison of masculinizing and sterilizing effects of high temperatures on two nile tilapias oreochromis niloticus fish strains.

9H30 - Julien GERARD (UMR CMAEE, équipe bactério) Séquençage et étude du polymorphisme des opérons ribosomiques.

9H45 - Alicia KAIROUANI (UMR LSTM, équipe MASCE) Impact du statut azoté de la plante sur l'interaction symbiotique Rhizobium-légumineuse. 

10H00 - Clémentine MITOYEN (UMR CBGP) Adaptation comportementale à la récolte du maïs chez Ostrinia spp.

10H15 - Session posters & Pause-Café

10H45 - Manon NOREST (UMR AGAP, équipe Génétique Forêt Palmier) Caractérisation d’un jeu de séquences de type « barcoding » pour l’étude de la diversité génétique de Ganoderma spp, agent de la pourriture basale du stipe chez le palmier à huile.

11H00 - Essowè PALANGA (UMR BGPI, équipe 7) Characterization of the genetic diversity of viruses infecting cowpea in Burkina Faso.

11H15 - Modou SERE (UMR INTERTRYP) Détection d'isolements par la distance: effet de différentes distances génétiques et leur sensibilité aux allèles nuls.

11H30 - Kadidia TOUNKARA (UMR CMAEE, équipe virology et Bactériologie) Epidémiologie de deux maladies transfrontalières des petits ruminants (Peste des Petits Ruminants et Pleuropneumonie Contagieuse Caprine) à fort impact sur le pastoralisme au Mali.

11H45 - Session posters & Pause déjeuner

Session 2 : Modélisation en biologie : et si on simulait ?

13H05 - Introduction de Virginie Ravigné de l'UMR BGPI

13H15 – Cécile ANTIN (UMR AMAP, équipe 3) De l’échelle de la feuille à celle de l’arbre : quels paramètres de structure de la végétation impactent la rétrodiffusion d’un signal LiDAR large empreinte ?

13H30 - Elena ARSEVSKA (UMR CMAEE, équipe Epidémiologie) Disease outbreak documents as a source of queries for detection of signals of disease emergence on the Internet.

13H45 - Claire DUFOURD (UMR AMAP) On a Trap-Insect Mathematical Model and Simulations.

14H00 – Mohamed Larbi TELLAL (UMR INTERTRYP) Modélisation du complexe pathogène de la Trypanosomiase Humaine Africaine: Du village au foyer.

14H15 - Stéphane GUITET (UMR AMAP) Modeling soils properties at the regional scale to test edaphic filter effect on rainforest diversity in French Guiana.

14H30 - Claire HAUTEFEUILLE (UMR AGIRs) Evaluation économique du réseau de surveillance de Salmonella Dublin chez les bovins laitiers en Suède.

14H45 – Pachka HAMMAMI (UMR CMAEE, équipe Epidemio) What is the best date to vaccinate Sahelian sheep against peste des ruminants to get optimal immunity coverage?

15H00 - Awaz MOHAMED (UMR AMAP, équipe 3) Effets des variabilités climatiques sur le synchronisme entre la croissance racinaire et aérienne du Noyer hybride en systèmes agroforestiers tempéré.

15H15 - Session posters &  Pause-Café

15H40 – Pargal SOURABH (UMR AMAP, équipe 3) Controlling for up-scaling uncertainty in assessment of forest aboveground biomass in the Western Ghats of India.

15H55 - Pierre PLOTON (UMR AMAP) Large trees are not cylinders: crown mass explains deviations from general biomass allometric models.

16H10 - Rinny RAHMANIA (UMR AMAP) 13 years of changes in the extent and physiognomy of mangroves after shrimp farming abandonment, Bali, Indonesia.

16H25 - Hasina Lalaina RAKOTONIRAINY (UMR GREEN) Model-Driven Engineering (MDE), applied to problems of initialization and observation of socio-environmental models.

16H40 - Ivric Valaire YATAT DJEUMEN (UMR AMAP) Modelling Tree-Grass interaction and pulse fires in savanna ecosystems.

16H55 - Fin de journée.

Vendredi 5 Juin

8H40 - Accueil des participants

Session 3 : Mixologie moléculaire : recette et résultats

9H - Introduction par Serafin Gutierrez de l'UMR CMAEE

9H10 - Charlène ARNAUD (UMR AMAP, équipe 2) Architecture, activité cambiale et propriétés du bois chez Eucalyptus grandis  W. Hill ex Maiden (Myrtaceae) en réponse à la contrainte hydrique et à la fertilisation au potassium.

9H25 - Zineb BELABESS (UMR BGPI, équipe 2) Recherche de facteurs pouvant expliquer le succès de l’émergence d’un virus recombinant de la tomate au Maroc.

9H40 - Edwige BERTHELOT (UMR BGPI, équipe VIP) Modalités de la transmission du virus de la mosaïque du navet par vecteur puceron : un autre exemple pour l'activation de la transmission ?

9H55 - Déborah CONFLON (UMR BGPI, équipe VIP) Évaluation du possible maintien de l’association TYLCV-satellite.

10H10 - Maëlle DESHOUX (UMR BGPI, équipe VIP) Caractérisation fonctionnelle de la première protéine identifiée dans les stylets de puceron.

10H25 - Session posters & Pause-Café

10H50 - Paul GAILLARD (UMR LSTM, équipe MSLT) Mise en place de bio‐marqueurs des étapes précoces de l'interaction Facteur Nod‐indépendant entre Aeschynomene et Bradyrhizobium.

11H05 -Josselin GUENO (UMR LSTM, équipe SYAT) Etude du rôle des récepteurs LysM-RLKs dans la perception et la transduction des signaux symbiotiques au cours de l’interaction entre la bactérie fixatrice d’azote Frankia et les plantes actinorhiziennes.

11H20 – Haijin LIU (UMR CMAEE) Generation of a vaccine to prevent poultry from Newcastle disease and control viral shedding.

11H35 – Thibault MOUNIER (UMR LSTM, équipe SYAT) Rôle des cytokinines dans la symbiose fixatrice d’azote actinorhizienne C. glauca/Frankia.

11h50 - Albin TEULET (UMR BGPI, équipe 1) Peut-on  infecter Arabidopsis  thaliana ou Nicotiana avec  le banana streak virus (BSV) ?

12H05 - Session posters & Pause déjeuner

Session 4 : La Terre nous conte ses secrets

13H20 - Introduction par Robin Duponnois de l'UMR LSTM

13H30 - Francesca FAGANDINI RUIZ (UMR GREEN) La culture du quinoa avec la gestion de ses parents sauvages par les communautés andines

13H45 - Claire GODINEAU (UMR BGPI/CBGP) Evolution de la capacité des pucerons à transmettre des virus de plantes.

14H00 - Charline HENRY (UMR LSTM, équipe ACE) Diversité des communautés ectomycorhiziennes dans une forêt tropicale à Madagascar ; application à la restauration écologique d’un site minier.

14H15 - Jimmy LEYES (UMR HortSys, équipe AIRB) Etude de l’efficacité de répulsifs pour faciliter l’adoption d’un agent de lutte biologique agressif, la fourmi tisserande.

14H30 - Marion ORSUCCI (UMR CBGP) A Life history trait approach of host plant specialization in Lepidopteran pests.

14H45 - Sheena SANGAY TUCTO (UMR LSTM, équipe RISA) Étude de l’impact des symbioses mycorhizienne et rhizobienne dans la domestication du Tara (Caesalpinia spinosa L.).

 
15H00 - Session posters & Pause-Café
 

15H40 - Antonio VILLANUEVA (UMR TETIS, équipe USIG) Services écosystémiques aux services de qui ? Perceptions des Communautés locales dans l’axe volcanique central du Mexique.

15H55 - Bryan VINCENT (UMR LSTM, équipe ACE) La nutrition d’azotée d’Acacia spirorbis au service de son adaptation aux contraintes environnementales.

16H10 - Ghais ZRIKI (UMR CBGP) Relation entre environnement paysager d’une parcelle de vigne, charge pollinique et densité et diversité d’acariens prédateurs Phytoseiidae.

16H25 - Fin de journée, pot pour les participants.

Programme détaillé

 

Mercredi 3 Juin

17H00 - Récupération des présentations orales & posters, distribution des goodies - pot pour les participants

Jeudi 4 Juin

8H40 - Accueil des participants

Session 1 : Quand le génome dévoile ses mystères...

9H05 - Introduction par Carole Kerdelhué du CBGP

9H15 - Matteo BARBARINI (UMR ISEM, équipe EPoiss) Comparison of masculinizing and sterilizing effects of high temperatures on two nile tilapias oreochromis niloticus fish strains.

A higher productivity can be obtained in farmed tilapia fish by rearing only males that grow faster than females. During sex-differentiation, high temperatures (36°C) can masculinise XX fry in the Manzala strain. In contrast, this treatment is suppossed to induce sterilisation in a Japanese strain. Temperature-induced masculinisation (TIM) causes a rapid up-regulation of the testis sex-differentiating genes and later, a repression of the ovarian genes. Moreover, one of the main precocious histological differences between a male and a female gonad is the number of germ cells. TIM may be causing a degeneration of the female primordial germ cells (PGC). In this study, we will compare the Manzala and the Japanese strains. Progenies will be sired from both strains, divided at 10 days post-fertlisation (dpf) into a group reared at 27°C (control temperature) and another reared at 36°C. After 30 days of temperature treatment, both groups will be grown at 27°C until sexual maturity (~3-4 months); sex-ratio will be determined by gonadal squash and sterility by macroscopic analysis. Trunks and brains will be sampled from fry at 14 and 22 dpf to analyse the expression of sex-differentiation male genes (dmrt1 and amh) and female genes (foxl2 and cyp19a1a) by qPCR. In addition, an immunohistochemistry of the gonads will be done counting the number of PGCs using the VASA antibody, a germ cell marker. In addition, expression of DNA methyltransferases will be quantified between the strains and phenotypes to see possible epigenetic changes in DNA methylation.

9H30 - Julien GERARD (UMR CMAEE, équipe bactério) Séquençage et étude du polymorphisme des opérons ribosomiques.

Les ribosomes sont les unités centrales de la synthèse protéiques. L’ARN 16S a était le plus utilisé pour la réalisation de phylogénie, mais cela peut être remis en question de par le nombre de copie des opérons ribosomiques présent chez les bactéries. Chez Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae il existe du polymorphisme entre les ARN 16S d’une même souche, démontré par G.BÖLSKE. Pour réaliser une meilleur phylogénie il est donc nécessaire de connaître ce polymorphisme et d’étendre cette étude à l’opéron complet. Le polymorphisme est obtenu par bioinformatique en utilisant des données NGS.

9H45 - Alicia KAIROUANI (UMR LSTM, équipe MASCE) Impact du statut azoté de la plante sur l'interaction symbiotique Rhizobium-légumineuse.

L’azote est un macroélément indispensable pour la croissance d’une plante. Pour s’adapter à un déficit en azote certaine plante comme les légumineuses peuvent s’associe à des bactéries fixatrices d’azote. Cette symbiose a lieu dans un organe spécifique, les nodosités ou  les bactéries fixe et transforme l’azote atmosphérique en azote utilisable par la plante. Cependant cette symbiose est fragile et des facteurs environnementaux  comme le manque d’eau peuvent inhiber la symbiose. Cela provoque un déficit en azote chez la plante. Pour compenser ce manque, la plante par le biais d’un signal dans toute la plante (signal systémique) augmente le nombre et la taille des nodosités. L’objectif du stage est d’identifier des gènes de la plante différentiellement exprimé en réponse au signal systémique durant la formation des nodosités chez des plantes à satiété ou en déficit en azote. Le mutant SUNN possède un phénotype d’hyper nodulation. Il permet de discriminer les signalisations allongement et formation des nodosités. Il sera utilisé pour comparer avec le sauvage. L’expression de gènes candidat impliqué tout au long de la nodulation  est observée par Qpcr. Les étapes précoces de la nodulation sont suivies par coloration.

10H00 - Clémentine MITOYEN (UMR CBGP) Adaptation comportementale à la récolte du maïs chez Ostrinia spp.

Les pressions environnementales d’origine anthropique peuvent parfois être suffisamment importantes pour engendrer une réponse adaptative en quelques dizaines de générations. Parmi les pyrales du genre Ostrinia, certaines espèces comme O. nubilalis en Europe, et O. furnacalis en Asie sont spécialisées sur le maïs. Contrairement aux autres plantes hôte de ce genre de papillon, le maïs est régulièrement fauché lors de la récolte et les larves se trouvant  au-dessus de la ligne de fauche on peu de chance de survivre. Une géotaxie (comportement de locomotion dirigé par la gravité) positive présenterait dans ce cas particulier, un avantage sélectif évident pour les pyrales vivant sur le maïs, en leur permettant de ne pas être tuées lors du passage des engins agricoles. Une géotaxie plus positive à déjà été décrite chez O. nubilalis par rapport à O. scapulalis, une pyrale vivant sur l’armoise et le houblon sur l’ensemble du continent eurasiatique. O. scapulalis a probablement donné naissance aux deux espèces de pyrale du maïs, par spéciation indépendante après l’arrivée du maïs sur le continent Eurasiatique il y a 500 ans. Huit populations de pyrale appartenant aux trois espèces (– i.e. O. nubilalisO. furnacalis et O. scapulalis) ont été échantillonnées en Europe et en Chine. Les larves issues de ces populations ont été introduites dans des colonnes mimant une canne de maïs. La position des larves dans les colonnes a été relevée chaque semaine, et une hauteur moyenne calculée.  Les premiers résultats montrent que les larves de pyrales échantillonnées sur maïs – O. nubilalis en Europe et O. furnacalis en Chine – se trouvent en moyenne significativement plus bas dans ces colonnes que les celles issues des populations collectées sur l’armoise – O. scapulalis. Cela suggère qu’une géotaxie positive a été sélectionnée à deux reprises – et donc pu évoluer indépendamment dans les populations des deux espèces de pyrales du maïs, en Europe et en Asie. 

10H15 - Session posters & Pause-Café

10H45 - Manon NOREST (UMR AGAP, équipe Génétique Forêt Palmier) Caractérisation d’un jeu de séquences de type « barcoding » pour l’étude de la diversité génétique de Ganoderma spp, agent de la pourriture basale du stipe chez le palmier à huile.

La pourriture basale du stipe est la principale maladie fongique des plantations industrielles de palmiers à huile en Asie du Sud Est et dévaste chaque année des milliers d’hectares. Elle s’étend actuellement en Afrique centrale où elle cause d’importants dégâts et constitue à terme une forte menace pour les plantations d’Amérique latine, dont certaines sont déjà atteintes. La pourriture basale du stipe est causée principalement par un basidiomycète tellurique, Ganoderma boninense. Malgré de nombreux travaux sur ce pathosystème peu d’informations sont disponibles sur les déterminants moléculaires et biochimiques de l’agressivité de ce pourridié ainsi que sur sa diversité intra et inter population.

L’analyse de 17 marqueurs SSR sur une large collection de 300 isolats montre  l’existence de plusieurs groupes génétiquement distincts, notamment à Bornéo et au Cameroun, ce qui pose la question de l’existence de plusieurs espèces de Ganoderma infectant le palmier à huile dans différentes zones de culture. Pour répondre à cette question, un jeu de 5 séquences dites ‘barcoding’ (ITS, mtSSU, TEF1-α, RPB1, RPB2) sera séquencé sur une centaine d’isolats. Elles ont été choisies pour être facilement amplifiables, présenter du polymorphisme interspécifique et un faible polymorphisme intra spécifique.

11H00 - Essowè PALANGA (UMR BGPI, équipe 7) Characterization of the genetic diversity of viruses infecting cowpea in Burkina Faso.

Cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp) is one of the major legumes cultivated under tropics. However, its production is limited by several virus diseases. Over sixteen viruses naturally infect cowpea worldwide. But in Burkina, only Cowpea aphid borne mosaic virus (CaBMV, potyvirus) was thoroughly studied and two others which were only reported once: Bean common mosaic virus (BCMV, Potyvirus) and Cowpea mottle virus (CPMoV, Carmovirus). To further study viral genetic diversity in cowpea, 312 cowpea symptomatic and non sympthomatic leaf samples were collected in 2013 from three agro-climatic zones of the country, i.e. Sahel, Sudan-Sahel and Sudan. Ten viruses were detected and identified by sequence-independent NGS of virion-associated nucleic acids. Beside the three viruses which were previously reported from Burkina, we also detected the Southern cowpea mosaic virus which was never reported from Burkina and six new viruses first reported on cowpea: two polerovirus-like viruses (Luteoviridae), a Tymoviridae-like, two Tombusviridae-like and a sobemovirus-like. Classic Sanger sequencing is used to characterize the new viruses. Generic PCR detection tests were developed to further study the ten cowpea viruses identified in Burkina Faso.  

11H15 - Modou SERE (UMR INTERTRYP) Détection d'isolements par la distance: effet de différentes distances génétiques et leur sensibilité aux allèles nuls.

L'étude de la différenciation génétique des populations naturelles en fonction de la distance géographique permet d'utiles inférences en génétique des populations. Plusieurs méthodes existent pour estimer cette différenciation. Ces méthodes calculent toutes des statistiques basées sur les fréquences de profils alléliques offertes par les outils moléculaires. La méthode de Rousset, basée sur le FST de Wright s'est révélée performante en termes d'inférence démographique. Cependant, les estimations basées sur le FST connaissent une variance importante et le test de significativité associé pourrait s'avérer peu puissant. Par ailleurs, les outils moléculaires présentent souvent des problèmes techniques d'amplification (allèles nuls) susceptibles d'affecter la perception de différenciation génétique et donc les inférences qui en découlent. Dans ce travail, nous proposons une approche par simulation  afin d'explorer la puissance de différentes  distances génétiques à détecter un isolement par la distance géographique ainsi que leur sensibilité aux allèles nuls.  Dans le cadre de la détection de l'isolement par la distance géographique, nous montrons que lorsque les populations sont fortement structurées, le choix de la distance génétique n'est pas d'une grande importance, mais que lorsque les populations sont peu structurées, la distance de corde de Cavalli-Sforza et Edwards et la distance d'allèles partagés sont plus performantes que le FST. Nous montrons également que la puissance de détection de l'isolement par la distance diminue avec la présence d'allèles nuls. Dans ce cadre, nous montrons que la distance génétique basée sur le FST est beaucoup plus sensible à l'effet des allèles nuls. L'application de ces résultats à des jeux de données réelles nous a permis de réinterpréter différemment certains résultats publiés.

11H30 - Kadidia TOUNKARA (UMR CMAEE, équipe virology et Bactériologie) Epidémiologie de deux maladies transfrontalières des petits ruminants (Peste des Petits Ruminants et Pleuropneumonie Contagieuse Caprine) à fort impact sur le pastoralisme au Mali.

La peste des petits ruminants (PPR) est endémique dans la plupart des pays d’Afrique de l’ouest, et au Mali en particulier où le champ d’investigations est positionné. La pleuropneumonie contagieuse caprine (PPCC) a été formellement identifiée au Niger en 1995 mais elle n’est jusqu’à présent que suspectée au Mali sur la base de résultats sérologiques. La PPR dont l’agent causal est un morbillivirus et la PPCC dont l’agent causal est un mycoplasme, Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae (Mccp) ont un hôte commun, la chèvre. Ces deux maladies respiratoires très contagieuses à déclaration obligatoire auprès de l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE), infligent des pertes économiques importantes dans les élevages caprins. Le projet a pour ambition de clarifier l’épidémiologique de la PPR et de la PPCC au Mali (entre autres la distribution des 2 maladies, phylogénie), et notamment de déterminer si ces deux maladies coexistent. Cela permettra ensuite d’évaluer le risque pour les filières de production de caprins et de proposer des stratégies de contrôle adaptées au système d’élevage du mali dominé par le pastoralisme.

11H45 - Session posters & Pause déjeuner

Session 2 : Modélisation en biologie : et si on simulait ?

13H05 - Introduction de Virginie Ravigné de l'UMR BGPI

13H15 – Cécile ANTIN (UMR AMAP, équipe 3) De l’échelle de la feuille à celle de l’arbre : quels paramètres de structure de la végétation impactent la rétrodiffusion d’un signal LiDAR large empreinte ?

La technologie du LiDAR (Light Detection And Ranging) offre de nouvelles perspectives pour la caractérisation des structures forestières : hauteur de la canopée, biomasse ou volume de bois, indice de surface foliaire (LAI)… Nous cherchons ici à explorer, à l’aide de simulations, l’impact de paramètres de structure de la végétation à l’échelle individuelle (ou sub-individuelle) sur le signal rétrodiffusé à l’échelle du peuplement. Nous nous intéressons particulièrement aux paramètres structuraux du feuillage (forme, taille, inclinaison et propriétés optiques des feuilles). Pour cela, deux représentations 3D botaniquement réalistes de scènes forestières (plantations de pin maritime) ajustées à des données de site d’étude sont créées. Ces scènes de référence sont créées à partir de la simulation du développement des arbres en peuplement (simulateur AmapSim, AMAP). Puis une analyse de sensibilité est réalisée en simulant un signal LiDAR (simulateur DART, CESBIO) sur les scènes de référence et sur des représentations modifiés (représentations simplifiés, suppression d’éléments, modification des caractéristiques du feuillage). Dix métriques élémentaires sont extraites pour chaque forme d’onde simulée et sont comparées à la simulation de référence afin d’évaluer l’impact de chaque paramètre testé.

13H30 - Elena ARSEVSKA (UMR CMAEE, équipe Epidémiologie) Disease outbreak documents as a source of queries for detection of signals of disease emergence on the Internet.

In this study, we propose an innovative methodology for query Internet monitoring of the emergence of exotic animal infectious diseases. To query the web, the choice of relevant terms is crucial. We use a text-mining approach associated to a Delphi method domain expertise in order to highlight the relevant terms to be used as queries and enable detection of signals of disease emergence on the Internet. We have experimented with data from African swine fever (ASF) disease outbreak documents (i.e. 123 from Google and 45 from PubMed) in English language, obtained for the period 2011-2014 with the baseline query “african swine fever outbreak”. Based on 2400 terms extracted with our text-mining approach, our automatic system associated to Delphi method domain expertise (i.e. evaluation of 20 groups of terms by 21 specialists) identified three groups of terms highly specific to detect signals of ASF emergence on the Internet: i) haemorrhagic fever in Suidae, ii) mortality in Suidae and iii) swine fever. Tested as complex queries, group i) and ii) each detected three ASF disease outbreak articles and group iii) detected 54 articles, previously undetected with the baseline query (period 2011-2014).  Our methodology is generic and we intend to evaluate it on data from other exotic animal infectious diseases and with real time data stream.

13H45 - Claire DUFOURD (UMR AMAP) On a Trap-Insect Mathematical Model and Simulations.

In pest management programs, a considerable effort is made on the development or improvement of biological control strategies. The efficacy of biological control methods relies on a good knowledge of the insects biology, and its ecology, comprising its population size, its spatial distribution and interactions with its environment. Typically, the only available field data which can be used to estimate insect population size (i.e. fruit flies, mosquitoes,...) are obtained using traps. I present a mathematical Trap-Insect Model (TIM) governing the spatio-temporal dynamics of insects responding to attractive traps. This model consists of a system of coupled advection-diffusion-reaction equations. While one equation models the spread of a chemical attractant from a source located in the trap, another equation models the dynamics of the insects being attracted to the chemical attractant until getting captured. The solution of the model is approximated using a finite element approach on non-uniform meshes refined near the traps, and numerical simulations are performed. The aim of this work is to propose field protocols for collecting informative data, using as little resources as possible (money and time), in order to estimate reliably and accurately the parameters of the model, and more specifically, the insects population size and distribution. 

14H00 – Mohamed Larbi TELLAL (UMR INTERTRYP) Modélisation du complexe pathogène de la Trypanosomiase Humaine Africaine: Du village au foyer.

L'architecture Le système multi-agents propose un modèle basé sur des individus (Agents) et les interactions entre eux dans le temps. Le système Cormas utilisé pour concevoir notre modèle HATSim offre l’avantage de simuler à la fois dans le temps et dans l’espace, la vie et les interactions des différents acteurs du complexe pathogène de la Trypanosomiase Humaine Africaine (THA). Un prototype de ce modèle a été développé à l’échelle  d’un village. Ce modèle a été adapté à l’échelle du foyer de la maladie du sommeil, regroupant plusieurs villages au Cameroun. HATSim a été développé à partir de données géographiques, épidémiologiques et entomologiques de deux foyers la maladie du sommeil au Cameroun. Ce modèle va donc nous permettre de tester différentes hypothèses épidémiologiques sur les évolutions endémiques de la maladie et essayons d'évaluer l'impact des actions du contrôle de la santé publique  tels que l'examen médical, le traitement ou la lutte anti-vectorielle.

14H15 - Stéphane GUITET (UMR AMAP) Modeling soils properties at the regional scale to test edaphic filter effect on rainforest diversity in French Guiana.

The importance of the soil filtering on rainforest floristic diversity has been frequently studied at the local scale but its significance at larger scales is more difficult to evaluate because accurate soils maps are lacking in many tropical countries. Using a large set of field surveys (25 soil profiles and 450 samplings) and geomorphological variables derived from a Digital Elevation Model (SRTM) we developed a predictive model of soils for the whole French Guiana, applying multivariate analysis and random forests. We found that soils spatial distribution is strongly related to geomorphological landscapes and local topographic indices as height above the nearest drainage (HAND) and regional elevation range. We also observed a significant correlation between World Reference Based (WRB) soil classification and hydrodynamic functioning. Our model predicted soils distribution with a satisfying local confidence (>65%) and explained a significant but minor part of the floristic composition observed in large forest inventories (i.e. 2,500 plots for 1,120 ha and 33 sites). These results support the hypothesis of a long-term geomorphic control on ecosystem properties and dynamics (including soils and vegetation) and provide valuable regional references to validate global soils model.

14H30 - Claire HAUTEFEUILLE (UMR AGIRs) Evaluation économique du réseau de surveillance de Salmonella Dublin chez les bovins laitiers en Suède.

Au sein du projet Risksur (Fournir une nouvelle génération de méthodes et d’outils pour la mise en place de systèmes de surveillance en santé animale rentables et basés sur les risques épidémiologiques pour le bénéfice des éleveurs, des gestionnaires et des consommateurs), financé par EU FP7, un outil d’aide à l’évaluation (l’outil EVA) a été développé afin d’aider les décideurs à mener des évaluations épidémiologiques et économiques des réseaux de surveillances des maladies animales. L’objectif de cet outil est de guider les décideurs et leurs conseillers techniques dans la planification et la réalisation de l’évaluation des réseaux et/ou de composantes de surveillance. Cet outil a été appliqué à un composant de surveillance bientôt en place dans le réseau de surveillance de Salmonella Dublin chez les bovins laitiers en Suède basé sur le dépistage du le lait de tank. L’objectif de cette évaluation est de comparer l’évaluation coût-efficacité entre deux designs de ce nouveau composant : conventionnel et basé sur le risque, ce dernier étant également développé au sein du projet Risksur. Tout d’abord une sélection d’attributs fournie par l’outil EVA a été utilisée pour mener la mesure de l’efficacité. Puis une analyse de coûts de cette composante a été réalisée à l’aide d’un cadre de calcul préexistant. Enfin, le rapport coût-efficacité a été calculé afin de comparer les deux options. L’objectif de cette communication est de présenter les résultats obtenus et leur discussion.

14H45 – Pachka HAMMAMI (UMR CMAEE, équipe Epidemio) What is the best date to vaccinate Sahelian sheep against peste des ruminants to get optimal immunity coverage?

According to FAO, >100 million sheep and goats (shoats) are reared in Sahelian Africa. Causing major losses, peste des petits ruminants (PPR) is the most serious infectious viral disease affecting shoats in this region. An existing vaccine provides a lifelong immunity after a single injection. A global PPR control strategy has been defined by OIE and FAO, relying on mass vaccination campaigns coordinated at the regional level. In Sahelian Africa, shoat reproduction is strongly seasonal according to available forage resources. Moreover, high offtake rates are met in lambs before the Tabaski feast (Aïd El Kebir), whose date is moving forward each year. These features result in seasonal variations in population structure and size. This work aimed to find the best date to implement PPR vaccination campaigns in sheep. A matrix population model was built using monthly Leslie projection matrices. Demographic parameters were estimated from herd follow-up data collected in northern Senegal. We simulated vaccination campaigns assuming 100% of sheep  > 3 months old were hit. Overall, 144 combinations of 12 offtake patterns (varying Tabaski month) with 12 vaccination months were assessed with 3 indicators: i) number of months with immunity coverage > 80%, ii) residual immunity 1 year post vaccination, and iii) mean annual immunity coverage. The figures below are given together with their 95% confidence intervals in brackets. The Tabaski month weakly influenced the post-vaccination immunity decay. The highest number of protected months (9 [9 ; 9]) was reached for sheep vaccinated from May to July, and the lowest (3 [3 ; 4]) for vaccination in April. One year after vaccination, immunity rate ranged from 61% [61 ; 61] (vaccination in Aug.) to 72% [71 ; 72] (vaccination from Feb. to May). Mean immunity rate ranged from 88% [88 ; 88] (vaccination in July) to 77% [76 ; 77] (vaccination in Jan.). Other criteria must be considered to choose the date of vaccination. For instance, farmers must be able to afford vaccination and sheep must be in good physiological status. For Sahelian sheep the best trade-off might be to implement vaccination between Sept. and Nov. We intend to use this method for goats and other agro-eco systems.

15H00 - Awaz MOHAMED (UMR AMAP, équipe 3) Effets des variabilités climatiques sur le synchronisme entre la croissance racinaire et aérienne du Noyer hybride en systèmes agroforestiers tempéré.

Les modèles de prédictions climatiques estiment qu’une augmentation du CO2 atmosphérique, des précipitations et des températures pourraient accentuer la fréquence d’évènements climatiques extrêmes et des périodes de sécheresse prolongées. Prévoir la réaction des écosystèmes et de la végétation aux variations climatiques est donc devenu un enjeu majeur pour la recherche. Selon la littérature, la croissance racinaire et aérienne des végétaux pourrait fortement dépendre des variations de la teneur en eau,  de la température du sol et de l’air et de la concentration d’azote dans le sol. Malgré un nombre croissant de recherches sur les liens entre la phénologie de la plante et les facteurs abiotiques (surtout climatique) les données sur ces relations sont basées soit, sur la partie aérienne de la plante soit, sur la partie racinaire des plantes ou sur des groupes de végétations au niveau racinaire à travers des gradients climatiques. L’objectif de cette thèse est de quantifier la dynamique de la croissance racinaire et aérienne du Noyer Hybride dans trois sites agroforestiers en relation avec les facteurs environnementaux (température du sol et de l’air, l’humidité du sol) afin de mieux comprendre les effets des variabilités climatiques sur le synchronisme entre la croissance racinaire et aérienne du Noyer hybride en systèmes agroforestiers tempérés.

15H15 - Session posters &  Pause-Café

15H40 – Pargal SOURABH (UMR AMAP, équipe 3) Controlling for up-scaling uncertainty in assessment of forest aboveground biomass in the Western Ghats of India.

Estimating forest above-ground biomass (AGB) is one of the most critical steps in the quantification of forest carbon stocks. However, the assessment of carbon stocks and fluxes for tropical forests is still spoilt by uncertainty. From plot level measurements to satellite data acquisition, there is always some uncertainty or an error is induced at each step of data acquisition and processing. The structural understanding of forest canopy can provide crucial information for vegetation mapping and for estimating carbon stocks or above-ground biomass. In this project we aim to develop an upscaling approach which would reduce the uncertainty in the estimations of forest AGB and carbon stock assessments when we move from plot level estimates to large scale regional extrapolations. We will implement an approach in which we will try to integrate the allometric theory of plants with population structures and canopy texture analysis of very high resolution imagery. Recent development in the domain of canopy texture analysis of very high resolution images using Fourier transform in combination with 3-D forest simulations have proved to improve stand level extrapolations of AGB estimates. This research focuses on the tropical rain forests of the Western Ghats (WG) of India and is a collaborative project between UMR AMAP, National Remote Sensing Center (NRSC), India and FIP.

15H55 - Pierre PLOTON (UMR AMAP) Large trees are not cylinders: crown mass explains deviations from general biomass allometric models.

Monitoring and estimating tropical forest carbon stocks is an outstanding challenge for conservation, economics and policy. For the aboveground carbon compartment, the most widely used pantropical allometric models, hereafter referred to as Chave’s models, predicts tree mass from tree dimensions measurable in the field, through a cylinder approximation. This model however shows a systematic bias, notably leading to negative estimation errors for large trees. We used a large database of harvested trees (n=681) to quantify the contribution of crown mass to the deviation of the cylinder approximation and developed an alternative allometric model to account for the variation in crown mass of large trees using specific proxy variables. The crown-total mass ratio was highly variable, ranging from 3 up to 88%, and significantly increased with tree mass. We found a breaking point at 10 Mg in the relationship between the cylinder approximation and actual tree mass, resulting in the bias observed in the Chave’s models. Restricting the cylinder approximation to the trunk compartment and adding a crown mass proxy based on crown height reduced model bias on large trees. We showed that variations in crown biomass allocation along tree ontogeny is a major source of bias in current biomass equations and propose unbiased allometric model that requires only an additional trunk height variable.

16H10 - Rinny RAHMANIA (UMR AMAP) 13 years of changes in the extent and physiognomy of mangroves after shrimp farming abandonment, Bali, Indonesia.

Very high resolution (VHR) satellite images provide crucial information on fast changing coastal regions of the world. Within the framework of the INDESO project, we are implementing methods for monitoring changes in Indonesian mangroves over the past decade. The Perancak river estuary, Jembrana, Bali was selected as a pilot site to analyze the impact of aquaculture and plantation practices in a 7 km² mangrove area. During the 80’s, most of the mangrove forest was converted to shrimp ponds. Since the 90’s, mangroves are progressively reintroduced through plantation programs. Now, many shrimp ponds are abandoned. We based our analysis on a temporal series of VHR satellite images acquired since 2001 in the aim of following-up 13 years of changes occurring in mangrove vegetation. We map and quantify the trends of evolution in mangroves not only in terms of surface extents but also in terms of forest types and structure (young, adult, mature). Overall, the Perancak estuary is currently greening, i.e. increasing extent and continuous growing of mangroves are observed. From now, both sustainable and unstainable coastal zone management practices such as mangrove deforestation, plantation or protection, can be identified and mapped from VHR satellite images.

16H25 - Hasina Lalaina RAKOTONIRAINY (UMR GREEN) Model-Driven Engineering (MDE), applied to problems of initialization and observation of socio-environmental models.

Researchers have sought to deal with the complexity of socio-ecosystems including biophysical and social dynamics, and their interactions. In order to cope with this complexity, they need increasingly complex models, whose initialization, and observation are becoming very difficult to implement. However, no generic framework has yet been developed to address this issue. Our objective is a generic framework for specifying and implementing the initialization from numerous heterogeneous data, and the observation producing the desired indicators. The contribution of this study is the formulation of the initialization and observation as transformations among data and data structures. This formulation allows to use the Model Driven Engineering (MDE) concepts in order to implement the generic framework and the corresponding domain specific languages (DSL). The expected result will be a set of DSL and their tools for specifying and automatizing the whole model exploration process from the initialization to the production of the indicators.

16H40 - Ivric Valaire YATAT DJEUMEN (UMR AMAP) Modelling Tree-Grass interaction and pulse fires in savanna ecosystems.

Fires and rainfall are major mechanisms that regulate woody and grassy biomasses in savanna ecosystems. Conditions of long-lasting coexistence of trees and grasses have been mainly studied using continuous-time modelling of tree-grass competition. In these frameworks, fire is a time-continuous forcing while the relationship between woody plant size and fire-sensitivity is not systematically considered. I propose a new mathematical framework that takes into account both the discrete nature of fire occurrence and size-dependent fire sensitivity (via two classes of woody plants). We carry out a qualitative analysis that highlights ecological thresholds and bifurcations parameters that shape the dynamics of the savanna-like systems within the main ecological zones. Moreover, through the qualitative analysis, we show that the impulsive modelling of fire occurrences leads to more diverse behaviors than the analogous time-continuous fire models. The impulsive model yields more realistic array of solutions while staying amenable to analytical studies. Numerical simulations, based on three main climatic zones in Central Africa, are also presented and discussed.

16H55 - Fin de journée.

 

Vendredi 5 Juin

8H40 - Accueil des participants

Session 3 : Mixologie moléculaire : recette et résultats

9H - Introduction par Serafin Gutierrez de l'UMR CMAEE

9H10 - Charlène ARNAUD (UMR AMAP, équipe 2) Architecture, activité cambiale et propriétés du bois chez Eucalyptus grandis  W. Hill ex Maiden (Myrtaceae) en réponse à la contrainte hydrique et à la fertilisation au potassium.

Face aux fluctuations du milieu, un même génotype peut exprimer différents phénotypes (plasticité phénotypique) de manière à faire face à l’hétérogénéité environnementale. La plasticité phénotypique fait l’objet de nombreuses études car elle permet d’appréhender la résistance des arbres en contexte de changement climatique et de croissance en milieu contraint.  A Itatinga, au Brésil, l’UMR Eco&Sols a installé en 2010 un dispositif d’exclusion partielle des pluies à partir d’un clone d’E. grandis où l’apport en sodium et potassium est également contrôlé. En complémentarité des études déjà en cours, ce projet de thèse propose d’étudier la plasticité phénotypique d‘E. grandis par l’observation de la phénologie des méristèmes primaire, secondaire, de certaines propriétés du bois ainsi que leur relation dans le temps et l’espace. Une étude architecturale, des suivis de xylogenèse et de croissance primaire ainsi qu’une analyse rétrospective des arbres seront menés pour les différents traitements. Les résultats obtenus apporteront des éléments de réponse (1) sur la capacité de l’espèce à moduler sa croissance en condition de déficit hydrique d’apport variable en nutriments ainsi que (2) sur les liens entre contrainte de croissance, plasticité et les conséquences sur les propriétés du matériau.

9H25 - Zineb BELABESS (UMR BGPI, équipe 2) Recherche de facteurs pouvant expliquer le succès de l’émergence d’un virus recombinant de la tomate au Maroc.

Le recombinant IS76 est un Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV, Begomovirus, Geminiviridae) qui a intégré une région de 76 nucléotides (nt) provenant du Tomato Yellow Leaf Curl Sardinia Virus (TYLCSV). L’émergence de IS76 s’est traduite par une disparition quasi-totale des virus de types parentaux dans le Sud du Maroc. Pour rechercher les raisons du succès de cette émergence, nous avons testé si IS76 peut être facilement généré en conditions contrôlées sur  des plantes co-infectées par des virus de type parental et a un avantage sélectif. Le point de recombinaison caractéristique de IS76 a été détecté dans des plantes co-inoculées par TYLCV et TYLCSV mais il est porté par une fraction infime des recombinants générés au sein de la population virale. Cependant, IS76 présente un avantage sélectif sur ses virus parentaux notamment sur variété tolérante et il ne paye pas de coût sur variété sensible. Cet avantage est cohérent avec la coïncidence entre la date de déploiement de variétés tolérantes dans le sud du Maroc et l’estimation de la date d’émergence du recombinant basé à la fois sur des inférences par BEAST et le profil d’infection d’échantillons anciens (1998-2003).  Cet avantage se manifeste par une forte diminution d’accumulation virale de TYLCV. Pour tester si l’avantage de IS76 vient d’un possible bénéfice lié au fragment de 76 nt hérité de TYLCSV, un clone chimère a été créé et testé en conditions contrôlées. Les résultats obtenus seront discutés.

9H40 - Edwige BERTHELOT (UMR BGPI, équipe VIP) Modalités de la transmission du virus de la mosaïque du navet par vecteur puceron : un autre exemple pour l'activation de la transmission ?

Le TuMV est transmis, comme des centaines d’autres virus, de manière non-circulante, selon la stratégie moléculaire « facteur assistant de la transmission », par pucerons. Cela indique que les particules virales (virions) transmises s’attachent aux stylets (les pièces buccales des pucerons), et sont transportées vers une nouvelle plante hôte. La liaison entre virions et stylets n’est pas directe, un facteur assistant de la transmission (HC-Pro pour Helper Component Protease) y intervient en créant le lien moléculaire entre les virions et les stylets. Pour un autre virus non-circulant, le CaMV, la présence des vecteurs sur la plante induit des formes transmissibles, il s’agit donc d’une acquisition contrôlée du virus. Nous avons testé si la transmission du TuMV suit aussi cette stratégie, appelée « Transmission Activation (TA) ». Nos résultats montrent que des ROS (Reactive Oxygen Species) activent la transmission du TuMV tandis que des bloqueurs de la signalisation calcique l’inhibent. L’activation et l’inhibition de la transmission sont corrélées avec la présence/absence des oligomères de HC-Pro. Le TuMV est donc un deuxième exemple pour la TA.

9H55 - Déborah CONFLON (UMR BGPI, équipe VIP) Évaluation du possible maintien de l’association TYLCV-satellite.

Les virus du genre Bégomovirus (famille Geminiviridae) sont fréquemment détectés avec de petite molécules d'ADN, appelé ADN satellite (α ou β). Alors que certains, comme bégomovirus Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) n’ont jamais été détectés avec des ADN satellites, d'autres, comme le coton leaf curl virus (CLCuV), dépendent d'un betasatellite pour leur infectiosité. Outre les bégomovirus du type du CLCuV qui peuvent être considérés comme bipartites, la plupart des bégomovirus détectés avec des satellites ont été montrés pour être infectieux sans leurs satellites. L’alphasatellite a rarement été montré comme ayant un impact sur le virus auxiliaire contrairement au betasatellite qui lui augmente la virulence de son virus auxiliaire. Bien que les satellites n’aient jamais été détectés avec le TYLCV dans des conditions naturelles, dans des conditions artificielles, le TYLCV peut assister les deux satellites et sa virulence est considérablement augmentée en cas de co-inoculation avec le betasatellites. Nous avons confirmé ces résultats avec le coton leaf curl Gezira betasatellite (CLCuGB) et deux alphasatellites, coton leaf curl Gezira alphasatellite (CLCuGA) et le okra leaf curl alphasatellite (OLCA) du Burkina Faso. Si la co-infection du TYLCV et d’un betasatellite avaient lieu dans des conditions naturelles, les productions de tomate pourraient être gravement touchées. Comme la probabilité d'un tel scénario dépend principalement du maintien de l’association TYLCV-satellite au fil du temps, nous avons étudié divers facteurs potentiellement déterminants pour ce maintien: (i) l'accumulation relative intra-plante du TYLCV et des satellites, (ii) la co-infection au niveau cellulaire du TYLCV et des satellites, et (iv) l'efficacité de transmission de satellites par le vecteur Bemisia tabaci. Ces différents facteurs ont été analysés avec CLCuGB, CLCuGA et OLCA.

10H10 - Maëlle DESHOUX (UMR BGPI, équipe VIP) Caractérisation fonctionnelle de la première protéine identifiée dans les stylets de puceron.

Les pucerons occasionnent des dégâts agronomiques et économiques importants à travers le monde puisqu’ils regroupent à eux seuls 50% des insectes vecteurs de virus. La majorité d’entre eux sont transmis selon le mode non circulant, c’est-à-dire que le virus passe par l’intestin et l’hémolymphe avant d’atteindre les parties buccales. Il est ensuite retenu à la pointe des deux stylets maxillaires, sorte de longues aiguilles de chitine dont l’architecture permet de définir le canal alimentaire et le canal salivaire qui fusionnent à l’extrémité pour former le canal commun. Des études d’interaction avec des stylets ont justement montré que la protéine P2 du CamV est systématiquement observée dans ce canal commun chez plusieurs espèces de pucerons. La microscopie a également permis d’identifier l’ultrastructure très particulière d’un nouvel organe dans cette région, qui a été renommé acrostyle.  L’utilisation d’une banque d’anticorps dirigés contre des protéines cuticulaires a alors permis d’identifier la première protéine de l’acrostyle qui pourrait jouer le rôle de récepteur du CamV. Pour le vérifier, une approche visant à éteindre le gène correspondant par silencing sera développé chez le puceron du pois Acyrtosiphon pisum, dont le génome a été entièrement séquencé. Les ARN double brin seront administrés selon deux méthodes : par ingestion grâce à un milieu artificiel, et par injection grâce à des capillaires de faible diamètre. Chaque puceron sera suivi individuellement afin d’optimiser les chances d’observer un phénotype spécifique au traitement. Des techniques de qPCR seront effectuées pour vérifier l’extinction du gène ainsi que des tests d’interaction avec les stylets pour contrôler l’attachement de la protéine P2 sur l’acrostyle.

10H25 - Session posters & Pause-Café

10H50 - Paul GAILLARD (UMR LSTM, équipe MSLT) Mise en place de bio‐marqueurs des étapes précoces de l'interaction Facteur Nod‐indépendant entre Aeschynomene et Bradyrhizobium.

La symbiose entre légumineuses et rhizobium est une association à bénéfices réciproques où la plante fournit aux bactéries du carbone en échange de l’azote fixé. Ces interactions sont spécifiques, c’est-à-dire qu’une espèce de légumineuse s’associe à un nombre restreint de souches symbiotiques et cette exclusivité repose sur un dialogue moléculaire. Ainsi, des Facteurs Nod synthétisés par les bactéries compatibles sont reconnus par la plante qui va alors permettre l’infection et former des nodules, les organes dédiés à la fixation symbiotique. Chez le couple Aeschynomene Bradyrhizobium, l’interaction est facteur Nod-indépendante et le signal bactérien reste inconnu. L’infection y est intercellulaire, il n’y a donc pas de modifications morphologiques précoces telles que la courbure des poils racinaires observée chez les légumineuses modèles. Mon travail s'intègre dans la recherche de ce signal bactérien et consiste à mettre en place des bio-marqueurs des étapes précoces de cette interaction. A partir de données issues d’une étude transcriptomique, différents gènes précocement exprimés ont été sélectionnées. Après m’être assuré de leur spécificité (analyse du profil d’expression sous différentes conditions), j’ai cloné leur promoteur fusionné à des gènes rapporteurs (GUS,  GFP…)  afin d’observer leur expression in vivo. La validation de leur profil d’expression permettra ensuite la recherche du signal bactérien de Bradyrhizobium.

11H05 -Josselin GUENO (UMR LSTM, équipe SYAT) Etude du rôle des récepteurs LysM-RLKs dans la perception et la transduction des signaux symbiotiques au cours de l’interaction entre la bactérie fixatrice d’azote Frankia et les plantes actinorhiziennes.

L'endosymbiose nodulaire est une adaptation des plantes à la fixation de l'azote atmosphérique, facteur limitant majeur de la croissance. Seules certaines espèces appartenant à 10 familles d’Angiospermes réunies dans le Clade des Eurosid1 peuvent établir une symbiose fixatrice d’azote et former des nodules racinaires. Il s’agit d’une part, des plantes de la famille des légumineuses et de Parasponia associées à rhizobium et d’autre part, de 8 familles d’Angiospermes associées à Frankia et appelées pour l’occasion plantes actinorhiziennes. Les études réalisées chez les légumineuses ont permis d’identifier plusieurs éléments génétiques impliqués dans la mise en place de la symbiose. Ces acteurs moléculaires forment une voie de signalisation symbiotique, allant de la perception d'un signal (= facteurs Nod) à l'induction de nouveaux organes (nodule). Ces facteurs Nod sont perçus par les légumineuses via des récepteurs LysM-RLKs (NFP/NFR5 et Lyk3/NFR1). Les recherches menées sur la symbiose mettent en évidence une voie symbiotique commune. Le but de mon stage est d’étudier le rôle des récepteurs LysM-RLKs dans l’établissement de cette symbiose actinorhizienne, en particulier le rôle de NFP isolé chez l’espèce actinorhizienne Casuarina glauca. L’approche consiste à : i) identifier des gènes codant pour des protéines de type LysM-RLKs en exploitant les données transcriptomiques haut débit disponibles chez C. glauca ; ii) éteindre le gène CgNFP à l’aide d’une construction ARNi dirigée contre le domaine LysM.

11H20 – Haijin LIU (UMR CMAEE) Generation of a vaccine to prevent poultry from Newcastle disease and control viral shedding.

Newcastle disease (ND) is the major viral infection of poultry inducing high morbidity, mortality, and significant economic impacts on thepoultry industry. ND is caused by virulent strains of avian paramyxovirus serotype 1 (aPMV-1) which have the capacity to spread over long distances. All strains of aPMV-1 belong to a single serotype and current vaccines have demonstrated their efficacy in terms of clinical protection. However, recent studies have shown that the virus has undergone significant evolution, which has led to the progressive emergence of new genotypes with potential antigenic drifts. The recently described genotype XI in Madagascar (Maminiaina et al, 2010) contains original amino acid substitutions on F and HN proteins, some of those clustered in the head of the proteins, presumably exposed to the host immune system, suggesting that these substitutions may account for antigenic drifts. Indeed, we showed in vivo, under controlled conditions, that current vaccines (genotypes II and III) induced equal clinical protection against genotypes II and XI, but were unable to prevent viral shedding of genotype XI comparing genotype II. In order to generate a vaccine preventing chicken from viral shedding and to try to understand the forces that trigger aPMV-1 evolution and correlate with protection, reverse genetics has been applied. NDV minigenomes expressing eGFP under two promoters (T7 and CMV) have been constructed and compared in vitro. Subsequently, full genomes of the genotype XI and II (NDV MG-725 and NDV LaSota) strains, have been assembled under CMV promoter. In addition, the F and HN genes of a live attenuated old-genotype virus (the genotype II Lasota strain) have been replaced by the corresponding genes of the recent Madagascar genotype XI. These viruses including the chimeric genotype XI-II will be characterized invitro and finally evaluated in immunization/challenge trials.

11H35 – Thibault MOUNIER (UMR LSTM, équipe SYAT) Rôle des cytokinines dans la symbiose fixatrice d’azote actinorhizienne C. glauca/Frankia.

La symbiose fixatrice d’azote concerne les légumineuses et les plantes actinorhiziennes qui s’associent aux bactéries du sol, respectivement rhizobium et Frankia. Cette symbiose aboutit à la formation d’un organe, le nodule, centre d’échanges métaboliques entre la plante et le micro-organisme. Contrairement aux légumineuses chez lesquelles les connaissances des mécanismes moléculaires impliqués dans la symbiose ont beaucoup progressé, les mécanismes moléculaires impliqués lors de la symbiose actinorhizienne restent moins connus. Des travaux récents ont montré que les symbioses rhizobiennes et actinorhiziennes partagent des éléments génétiques communs. Des études menées chez les légumineuses modèles, Medicago truncatula et Lotus japonicus, ont révélé le rôle central joué par les cytokinines lors du développement nodulaire. Cela a conduit à l’identification de gènes clefs impliqués dans la réponse à ces phytohormones au cours de la nodulation tel que HK1/CRE1. L’objectif de ce stage est d’étudier le rôle des cytokinines dans la symbiose actinorhizienne Casuarina glauca/Frankia. Le criblage de la base de données transcriptomiques de C. glauca a permis d’identifier plusieurs homologues aux gènes impliqués dans la réponse aux cytokinines. Une première approche consiste à éteindre par ARNi l’expression du récepteur CRE1 chez C. glauca et d’étudier l’effet sur le processus de nodulation. Une seconde approche consiste à étudier par Q-RTPCR la régulation des gènes de la voie cytokinine identifiés en réponse à des traitements hormonaux.

11h50 - Albin TEULET (UMR BGPI, équipe 1) Peut-on  infecter Arabidopsis  thaliana ou Nicotiana avec  le banana streak virus (BSV) ?

Le banana streak virus (BSV) est un virus à ADN db du genre badnavirus et de la famille caulimoviridae connu à ce jour pour infecter seulement  les plantes du genre Musa sp. (bananier). Son génome est constitué de trois ORFs dont les fonctions restent encore inconnues à ce jour. Le travail sur bananier est contraignant et fastidieux car il faut de la place, le cycle de multiplication est long, les banques de mutants n’existent pas et les transformations stables et transitoires sont délicates à mettre en place voire impossible. Pour ces différentes raisons et afin de comprendre la biologie du BSV, notre équipe a entrepris récemment de tester la possibilité d’infecter Arabidopsis thaliana et/ou Nicotiana benthamiana  par le BSV. Ce projet passe tout d’abord par une étude de la fonctionnalité du promoteur BSV chez ces deux plantes par des techniques de transformation transitoire via agrobactérie pour déterminer s’il est capable de s’exprimer chez ces dicotylédones. En parallèle, une construction contenant 1,5 génome BSV en orientation sens – constituant potentiellement un clone infectieux – a été transformée de façon transitoire et/ou stable chez ces deux putatifs hôtes. Des résultats préliminaires de ces différentes approches seront présentés.

12H05 - Session posters & Pause déjeuner

Session 4 : La Terre nous conte ses secrets

13H20 - Introduction par Robin Duponnois de l'UMR LSTM

13H30 - Francesca FAGANDINI RUIZ (UMR GREEN) La culture du quinoa avec la gestion de ses parents sauvages par les communautés andines

Les cultures des Andes constituent toujours la base d’une grande partie de l’alimentation des communautés agraires andines. Le Pérou est le centre d’origine de nombreuses espèces consommées pour leurs grains comme le quinoa. Les pratiques agricoles locales favorisent la diversification génétique des cultures dans leurs stratégies de gestion afin d’adapter les cultures à un climat et à des conditions écologiques très difficiles et variables. Notre hypothèse repose sur le fait que la conservation in situ des parents sauvages du quinoa permet de renforcer et maintenir le procès d’adaptation des cultures en lien grâce aux pratiques de gestion des agriculteurs. Identifier le potentiel impact agricole de la gestion des parents sauvages est important pour la durabilité des systèmes andins et dans une perspective de sélection pour étendre sa culture a d’autres contextes écologiques.

 

13H45 - Claire GODINEAU (UMR BGPI/CBGP) Evolution de la capacité des pucerons à transmettre des virus de plantes.

Comprendre comment varie la capacité vectrice entre espèces de pucerons (c’est-à-dire la probabilité qu’un puceron transmette un virus d’une plante infectée à une plante saine) est important car cela pourrait in fine permettre de prédire quelles sont les espèces de pucerons qui sont susceptibles de causer le plus de dégâts phytosanitaires. L’objectif de notre étude est  de mieux comprendre l’évolution de la capacité vectrice des espèces de pucerons. Pour cela, nous avons réalisé une méta-analyse des études qui ont mesuré les taux de transmission d’un virus par différentes espèces de pucerons (principalement des ravageurs des cultures notoires). Dans un premier temps, nous avons analysé ces données par sélection de modèles afin d’identifier des caractéristiques du virus et du vecteur expliquant le mieux les taux de transmission observés. Sur la base des taux de transmission renormalisés, les différentes espèces de pucerons ont été classées en  « bons » ou « mauvais » vecteurs. Dans un deuxième temps, à partir d’une phylogénie réalisée sur l’ensemble des Aphididae, nous avons mesuré le signal phylogénétique de la capacité vectrice des pucerons : en d’autres termes, nous avons testé si les pucerons apparentés ont des capacités vectrices comparables. Enfin nous avons testé si la capacité vectrice des pucerons était corrélée à d’autres traits des pucerons (morphologie du rostre, cycle de vie, gamme d’hôtes).

14H00 - Charline HENRY (UMR LSTM, équipe ACE) Diversité des communautés ectomycorhiziennes dans une forêt tropicale à Madagascar ; application à la restauration écologique d’un site minier.

Le projet minier d’Ambatovy à Madagascar exploite le nickel et le cobalt dans une mine à ciel ouvert de 2.000 ha en forêt tropicale humide. Avant l'exploitation, 4 genres de ligneux ectomycorhiziens structurent naturellement ces forêts : Uapaca sp., Leptolaena sp., Asteropeia sp. et Sarcolaena sp. La caractérisation des ITS des partenaires fongiques de 634 mycorhizes de ces 4 genres a mis en évidence une grande richesse spécifique de ces communautés ectomycorhiziennes. Ces communautés sont dominées par les Russulaceae et les Boletaceae. Aucun effet de l'espèce ou de l'âge de la plante hôte sur la composition des communautés mycorhiziennes n’a été constaté. On observe un fort partage des communautés mycorhiziennes entre les 4 genres d’arbres hôtes testés ainsi qu'entre les semis et les adultes. Parmi ces genres, seule une espèce, Asteropeia micraster, est localement capable de se régénérer spontanément en milieu dégradé. Elle pourrait être utilisée lors de la restauration écologique du site minier comme plante nurse. Son introduction pré-cultiverait dans le sol remis en place des espèces fongiques capables de coloniser les autres espèces ligneuses structurantes de l'écosystème. Toutefois, en l’absence de graines, l’utilisation de cette espèce nécessite une transplantation suivie d’une croissance en pépinière des semis sauvages. Nous avons montrez que cet itinéraire technique provoquait de profondes modifications des cortèges mycorhiziens associés eux A.mcphersonii. Un nouvel itinéraire technique doit donc être envisagé pour utiliser A.mcphersonii lors de la restauration écologique.

14H15 - Jimmy LEYES (UMR HortSys, équipe AIRB) Etude de l’efficacité de répulsifs pour faciliter l’adoption d’un agent de lutte biologique agressif, la fourmi tisserande.

Les vergers d’Afrique de l’Ouest sont attaqués par des ravageurs parmi lesquels il y a les mouches des fruits. Les dommages causés par ces ravageurs entraînent des pertes économiques considérables. Les fourmis tisserandes (Oecophylla longinoda) protègent efficacement les vergers des mouches des fruits car elles s’en nourrissent et les traces olfactives et visuelles qu’elles laissent sur leur passage dissuaderaient les mouches de pondre à l’intérieur des fruits. Bien que leur efficacité soit connue, elles sont souvent considérées comme nuisibles par les agriculteurs locaux car elles les mordent au moment de la récolte.

Beaucoup d’entre eux utilisent des produits plus ou moins répulsifs afin de limiter le nombre de morsures qu’ils subissent mais leur efficacité n’a jamais été prouvée et leur utilisation n’est pas généralisée. Ce projet a pour but de déterminer l’efficacité de différents produits en tant que répulsifs sur les fourmis tisserandes afin de faciliter leur adoption et ainsi limiter l’utilisation d’insecticides.

14H30 - Marion ORSUCCI (UMR CBGP) A Life history trait approach of host plant specialization in Lepidopteran pests.

We conducted a study on the life history traits to underline the specialization of two moth models to their host plants. We studied, on the one hand, the European corn borer (ECB), Ostrinia nubilalis and its sister and sibling species, the Adzuki bean borer (ABB), Ostrinia scapulalis and on the other hand, two host races of Spodoptera frugiperda (called the “rice strain” and the “corn strain”). These borers species and fall armyworm races share some common traits: they are sympatric while genetically differentiated and specialized on different hosts. This specialization concerns two main characters: the larval performance and the choice for oviposition site.

We realized a reciprocal experiment in the two models to quantify different traits (weight, development time, survey). This experience has allowed us to estimate the larval performance on major and alternative host plant. A second experiment was carried in the borer species to measure the female preference to the host plant (oviposition experiment).

Our results was different between the two models: the host performance and preference was strong for the Ostrinia species (ECB preferred and performed more on corn that on mugwort reciprocally for ABB) whereas the two strains of Spodoptera frugiperda performed on corn.

14H45 - Sheena SANGAY TUCTO (UMR LSTM, équipe RISA) Étude de l’impact des symbioses mycorhizienne et rhizobienne dans la domestication du Tara (Caesalpinia spinosa L.).

La tara (Caesalpinia spinosa), est une essence légumineuse native du Pérou qui présente un grand potentiel socio-économique. Une gestion optimale des plantations de tara, visant à améliorer leur  productivité est nécessaire dû à l'augmentation de la demande du marché international. Il devient donc urgent d’identifier des itinéraires culturaux durables sans apports d’intrants afin d’assurer la production et de la qualité des fruits de cette espèce. Cette légumineuse, est capable de se développer dans des zones arides, sur des sols très pauvres, sans recourir aux engrais azotés et phosphatés. Toutefois des travaux antérieures ont montré que les rhizobia compatibles avec le tara étaient parfois absents des zones de plantation de cette espèce. Ce programme vise à valoriser la diversité des symbioses microbiennes associées au tara (symbiose fixatrice d’azote et symbiose mycorhizienne) pour leur impact sur la croissance du tara dans des milieux carencés en éléments minéraux (N et P). Cette étude sera réalisée suivant 3 étapes principales : la caractérisation de la diversité des rhizobia et des champignons mycorhiziens dans l’aire d’origine de cette essence, (ii) la sélection en conditions contrôlées des souches bactériennes et fongiques les plus efficaces quant à leur effet sur la croissance de la plante hôte et (iii) la validation en conditions naturelles au Pérou de l’impact promoteur des microorganismes sélectionnés. Ces travaux seront complétés par l ‘évaluation de l’impact de l’inoculation contrôlée du tara au niveau des caractéristiques édaphiques du sol (fertilité chimique et biologique).

15H10 - Session posters & Pause-Café

15H25 - Babacar THIOYE (UMR LSTM, équipe SRES) Stratégie d’ingénierie écologique basée sur la mycorhization de Ziziphus mauritiana Lam. (Jujubier) sur le tracé du projet Grande Muraille Verte: Impact sur la diversité native des communautés mycorhiziennes.

Le tracé de la Grande Muraille Verte (GMV) constitue un champ d’expérimentation exceptionnel pour valoriser les potentialités symbiotiques et la productivité des plantes dans les zones arides et semi arides. Des essais de plantation de jujubiers en association avec un champignon mycorhizien à arbuscules (CMA), Glomus aggregatum IR27, ont été mis en place afin d’évaluer l’impact de la stratégie d’inoculation sur la croissance et la production fruitière de deux provenances, Gola (variété indienne sélectionnée pour ses fruits de grosse taille) et Tasset (provenance locale à fruits de petite taille). Le suivi des plantations a montré un effet positif significatif de l’inoculation (avec fertilisation phosphaté ou non) sur plusieurs paramètres de croissance des arbres ainsi que sur leur survie. Des analyses complémentaires ont aussi été menées en parallèle dans le but d’identifier les effets de ces pratiques agricoles sur le cortège mycorhizien natif du jujubier en plantation. Une approche moléculaire, basée sur le séquençage massif (technologie Illumina MiSeq) du gène de l’ARNr 18S ciblant spécifiquement les CMA a donc été mis en place afin d’obtenir une image exhaustive des communautés de CMA associées naturellement au Jujubier sur le site d’étude, et aussi de caractériser les changements de structure de ces communautés en fonction des traitements appliqués dans la plantation. Le développement de telles analyses sur d’autres sites d’études sur le tracé de la GMV devrait permettre de mieux appréhender l’impact de telle pratique sur les agro-écosystèmes cibles et fournir des données utiles pour leur généralisation en milieux arides et semi-arides.

15H40 - Antonio VILLANUEVA (UMR TETIS, équipe USIG) Services écosystémiques aux services de qui ? Perceptions des Communautés locales dans l’axe volcanique central du Mexique.

 Ce travail est centré sur l’analyse de la perception des communautés locales sur les bénéfices obtenus des services écosystémiques dans la forêt de montagne dans l’axe volcanique central du Mexique. La méthodologie appliquée s’articule avec une approche paysagère en appliquant des photoquestionnaires pour obtenir une valorisation qualitative des services écosystémiques.

15H55 - Bryan VINCENT (UMR LSTM, équipe ACE) La nutrition d’azotée d’Acacia spirorbis au service de son adaptation aux contraintes environnementales.

Acacia spirorbis, légumineuse endémique de Nouvelle-Calédonie se développe naturellement sur des sols très contrastés : pH 4 à plus de 8, ferralitiques, serpentiniques, calcaires, sableux, organiques, bauxitiques, etc. et constitue pour l’équipe ACE du LSTM un modèle d’étude de la contribution des symbioses fixatrices d’azote et mycorhiziennes à l’adaptation aux contraintes du sol. Dans ce cadre, 9 sites aux conditions édaphiques très différentes ont été sélectionnés sur le terrain. Sur chacun de ces sites, des prélèvements d’échantillons végétaux ont été réalisés sur A. spirorbis et des espèces ligneuses accompagnatrices afin d’estimer dans la plante, par spectrométrie de masse grâce à la méthode de l’abondance naturelle du 15N, la proportion d’azote issu de la fixation symbiotique. En complément, deux essais ont été mis en place en serre et en chambre de culture afin de tester expérimentalement les effets d’une saturation du substrat par un excès de calcium ou de fer et de variations du pH sur la nutrition azotée d’A. spirorbis avec ses partenaires symbiotiques bactériens et mycorhiziens. Des variations significatives de la proportion d’azote fixé chez A. spirorbis en fonction des contraintes édaphiques suggèrent une réponse adaptative de la plante. Cette réponse est un élément qui permet à cette espèce de se développer sur une large variété de sols.

16H10 - Ghais ZRIKI (UMR CBGP) Relation entre environnement paysager d’une parcelle de vigne, charge pollinique et densité et diversité d’acariens prédateurs Phytoseiidae.

Ce travail de stage s’inscrit dans le Projet Casdar Biocontrol (2012-2015). Il concerne des recherches des corrélations entre des indicateurs de la complexité du paysage, le pollen disponible sur les feuilles et les densités et la diversité de certaines espèces d’auxiliaires, les acariens prédateurs Phytoseiidae. Pour ce faire, au sein d’un dispositif de 20 parcelles situées dans le département des PO (66), nous réalisons un suivi mensuel de la densité et de la diversité des acariens ravageur et prédateurs et de la densité de pollen de Pinaceae et de pollen total dans 2 parcelle parmi les 20. On recherche si la charge pollinique est un indicateur de la complexité du paysage et son effet sur la densité de ces acariens prédateurs dit généralistes, les Phytoseiidae, qui se nourrissent de pollen à côté des proies préférentielles que sont les acariens ravageurs et les petites insectes. On effectue des observations mensuelles dans les deux parcelle d’avril à septembre. Il existe une corrélation positive entre le la densité de deux acariens prédateurs, Typhlodromus pyri et Kampimodromus aberrans et la charge pollinique. Les populations respectives de ces deux prédateurs sont par ailleurs plus élevées en juillet, ce qui correspond à la période de l’année la plus riche en pollen dans les deux parcelles des PO

16H25 - Fin de journée, pot pour les participants.

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